10 września 1947 r. płk. Franciszek Niepokólczycki został skazany na karę śmierci. W czasie II wojny światowej oficer ZWZ-AK. Od 1943 r. był zastępcą komendanta Kierownictwa Dywersji KG Armii Krajowej. W latach 1945–1946 prezes II Zarządu Głównego Zrzeszenia Wolność i Niezawisłość, co pokazuje ciągłość walki.
Po aresztowaniu Niepokólczycki przeszedł ciężko śledztwo, torturował go m.in. słynny sadysta Jerzy Kędziora, który żyje do dziś pod Warszawą. O swojej postawie Niepokólczycki pisał po latach do przyjaciela: „Dowódcy wojskowi na tak wysokich stanowiskach, na jakim ja byłem, czasami znajdują się w takich sytuacjach, że powinni zdecydować się zginąć, ale nie wolno im kapitulować lub robić woltę. […] Trzymałem się tej zasady – można samemu przegrać, ale nie można utrudniać sytuacji innym”.
Dlatego podczas przesłuchań płk Niepokólczycki nie obciążał podwładnych, twierdząc, że działali z jego rozkazu i tylko on ponosi za to odpowiedzialność. Nie dał się także omamić ubeckim obietnicom: „Miałem wyjść w ogóle bez procesu w marcu 1947 r., i to z wielkim hukiem, bo z awansem generalskim, Virtuti Militari IV klasy, Grunwaldem itp. Posłyszano ode mnie w tej sprawie – nie”.
Powstałe 2 września 1945 r. na bazie struktur Armii Krajowej Zrzeszenie Wolność i Niezawisłość (WiN) – największa antykomunistyczna organizacja w powojennej Polsce, kontynuująca ideę odzyskania niepodległości – miało przede wszystkim charakter cywilny i obywatelski. Świadczyła o tym pełna nazwa – Ruch Oporu bez Wojny i Dywersji „Wolność i Niezawisłość”. Jego celem był dalszy opór przeciwko sowietyzacji Polski.
Zrzeszenie WiN szybko stało się najliczniejszą ogólnopolską organizacją niepodległościową. Szacuje się, że już w 1945 r. liczyła ona 20 tys. członków. Idee cywilnego oporu były realizowane wielotorowo. Z jednej strony –rozwijano propagandę niepodległościową, z drugiej – infiltrowano powstające struktury „ludowej” władzy. Z rządem londyńskim utrzymywano kontakty kurierskie i korespondencyjne.
Jeszcze przed zakończeniem wojny z Niemcami, kiedy od wschodu nadciągała Armia Czerwona, przywódcy Polskiego Państwa Podziemnego przygotowywali się na najczarniejszy scenariusz – konieczność przeciwstawienia się nowemu zaborcy. W tym celu, bazując na siatce i potencjale Armii Krajowej, zaczęto tworzyć nowe, ściśle zakonspirowane struktury. Najpierw powstała organizacja „Nie” („Niepodległość”), następnie Delegatura Sił Zbrojnych (DSZ).
Koncepcja przekształcenia organizacji wojskowej (DSZ) w zrzeszenie polityczne, nawiązujące do wzorów „Nie”, pojawiła się wśród dowódców AK na przełomie maja i czerwca 1945 r., kiedy na podstawie porozumień jałtańskich miał powstać zdominowany przez komunistów Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej. Inicjatywa utworzenia nowej organizacji była bezpośrednią reakcją na terror komunistycznej bezpieki i NKWD oraz wynikała z poczucia odpowiedzialności dowódców za trwających w konspiracji i lesie żołnierzy AK. Przywódcy WiN stawali na czele oddziałów partyzanckich nie tylko po to, żeby je prowadzić do boju, lecz przede wszystkim bezpiecznie zdemobilizować i pomóc żołnierzom „urządzić się” w cywilu. Był to zatem kolejny etap procesu demontażu wojennej struktury organizacyjnej AK. Głównym celem WiN było doprowadzenie do wolnych wyborów w Polsce gwarantowanych przez aliantów. Wtedy żołnierze mieli bezpiecznie wrócić do domów.
„Rozładowanie lasów” napotykało jednak wiele trudności. Ujawnionych w wyniku amnestii AK-owców „ludowa” władza aresztowała i skazywała na wieloletnie wyroki, często na karę śmierci. Dlatego też w strukturach WiN, zwłaszcza w województwach wschodnich, działały wywodzące się z AK oddziały partyzanckie. Miały one silne oparcie w terenie, gdyż społeczeństwo dobrze wiedziało, że WiN-owcy kontynuują dzieło Armii Krajowej.
Wyrok śmierci na płk Franciszka Niepokólczyckiego zapadł 10 września 1947 r. w Krakowie w procesie WiN i Polskiego Stronnictwa Ludowego. Chociaż oskarżony odmówił napisania prośby o łaskę, jemu i czterem innym skazanym tow. Bierut złagodził orzeczoną karę. Wyrok dożywotniego więzienia odbywał we Wronkach i w Szczecinie, cały czas odmawiając pisania próśb o łaskę (zakazał tego również żonie Annie).
Zwolniony na fali politycznej „odwilży” w grudniu 1956 r. Schorowany, przez kilka lat poruszał się o lasce. Mieszkał w podwarszawskim Milanówku, potem w Brwinowie.
Inwigilowany przez SB. Jeden z funkcjonariuszy pisał o Niepokólczyckim w 1958 r.: „Jego zdaniem legenda AK istnieje, rośnie i będzie rosła. Nie potrafią temu zapobiec czynniki rządowe bez względu na stosowane środki. […] Obecnie wielką polityką dla AK-owców w kraju jest zachować swoją godność żołnierską i nie pozwalać wszelkimi sposobami na pomniejszanie dorobku AK i jej legendy. Powinna ona jak sztandar być przekazana młodzieży”. Płk Franciszek Niepokólczycki zmarł 11 czerwca 1974 r. w Warszawie.
Kolejne Zarządy Główne WiN bezpieka rozbiła w latach 1945–1947. Nadzieje na wolne wybory zniweczyło sfałszowanie przez komunistów wyników referendum (3 razy „TAK”) w czerwcu 1946 r. Wówczas zmianie uległa taktyka WiN. Głównym zadaniem stało się informowanie światowej opinii o sytuacji w Polsce. Miał temu służyć m.in. „Memoriał do Rady Bezpieczeństwa ONZ”, a także apele do Trybunału w Hadze czy prezydenta USA Harry’ego Trumana.
