7 marca 1949 r., został stracony, wraz z sześcioma podkomendnymi – żołnierzami WiN. Podstawą był wyrok Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie, chyba najbardziej krwawego trybunału śmierci w stalinowskiej Polsce. Tak zginął Hieronim Dekutowski „Zapora”, jeden z najsłynniejszych bohaterów antysowieckiej partyzantki, najbardziej znany i poszukiwany przez szwadrony NKWD i UB żołnierz Lubelszczyzny. Dziś Poczta Polska zabija pamięć o „Zaporze” wycofując przygotowany przez siebie znaczek z podobizną Pana Majora.
W czasie niemieckiej okupacji, cichociemny, przeprowadził 83 akcje bojowe i dywersyjne. Zasłynął jako obrońca mieszkańców Zamojszczyzny przed represjami. Aresztowany we wrześniu 1947 r., podczas próby przedostania się na Zachód, wskutek zdrady. Zamordowany, po trwającym ponad rok, brutalnym śledztwie, w katowni bezpieki przy ul. Rakowieckiej w Warszawie.
Władysław Siła-Nowicki, powojenny polityczny przełożony Dekutowskiego, inspektor Zrzeszenia Wolność i Niezawisłość na Lubelszczyźnie, ps. Stefan pisał o tym tak: „Około dwustu-dwustu pięćdziesięciu ludzi o wysokim poziomie ideowym, dobrze uzbrojonych i wyszkolonych, utrzymywanych w dyscyplinie, «trzęsło» połową województwa. Stan ten przypominał pewne okresy powstania styczniowego, gdy władza państwowa ustabilizowana była jedynie w dużych ośrodkach, zaś w terenie istniała tylko iluzorycznie. Oczywiście partyzantka opierała się na pomocy miejscowej ludności ogromnej większości wsi, udzielającej ofiarnie poparcia, kwater i informacji”. Dlatego komuniści postanowili ich zlikwidować.
Egzekucję mjr. Hieronima Dekutowskiego, ps. „Zapora” 7 marca 1949 r. zarządził prezes Najwyższego Sądu Wojskowego Władysław Garnowski. Powołując się na odrzucenie próśb o łaskę przez Bieruta, wniósł o natychmiastowe rozstrzelanie „Zapory” i skazanych z nim WiN-owców: kpt. Stanisława Łukasika, ps. „Ryś”, por. Jerzego Miatkowskiego, ps. „Zawada”, por. Romana Grońskiego, ps. „Żbik”, por. Edmunda Tudruja, ps. „Mundek”, por. Tadeusza Pelaka, ps. „Junak”, por. Arkadiusza Wasilewskiego, ps. „Biały”.
Garnowski, przedwojenny absolwent prawa na Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie, w czasie wojny AK-owiec, ma na koncie wiele wyroków śmierci na polskich niepodległościowców. Wyrok, po rocznym brutalnym śledztwie w katowni bezpieki przy ul. Rakowieckiej 37 w Warszawie, wydał 15 listopada 1948 roku. Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie w składzie: Kazimierz Obiada i Wacław Matusiewicz (ławnicy), Józef Badecki (przewodniczący). Władysław Siła-Nowicki, który był jednym z podsądnych, wspominał: „Pani Stillerowa [obrońca Nowickiego] poinformowała mnie, że przewodniczący składu Józef Badecki znany jest z bardzo uprzejmego prowadzenia rozpraw i bardzo surowych wyroków. Istotnie, sędzia Badecki, zimny morderca, był cały czas bardzo grzeczny. Od początku zresztą wszyscy byliśmy dla niego morituri…”.
Siła-Nowicki wspominał dalej, że na rozprawę ubrano ich w mundury Wehrmachtu: „Ten mundur hańbił katów, nie ofiary. I nieskończenie ważniejszym od naszego ubrania było to, co przed sądem krzywoprzysiężnym mówiliśmy podczas procesu”. Badecki też przed wojną ukończył prawo na Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie, po wojnie orzekł co najmniej 29 kar śmierci wobec wrogów „ludu”.
„Był ranek. Pułkownika, który podpisywał zgody na widzenie, nie było. Siadam więc i czekam na niego, a tymczasem sekretarki, młode dziewczyny krzątały się wśród akt. Czerwone teczki – kara śmierci, zielone – wszystko inne. Biorą te czerwone teczki i jedna z nich czyta nazwisko: Dekutowski Hieronim. Jakie śmieszne imię – mówi. A mnie serce zamarło – wiem, co znaczy czerwona teczka! A więc piszą na maszynie jakieś dane o tych skazanych, ale nic poza tym nie wiem – ani kiedy, ani gdzie te wyroki mają być wykonane”.
Tak swoją wizytę w biurze przepustek na ul. Suchej w Warszawie wspominała Irena Siła-Nowicka, żona Władysława Siła-Nowickiego.
Z więziennego biura przepustek Irena Nowicka poszła do aresztu na Rakowieckiej: „Wchodzę ze strażnikiem w bramę, potem korytarzem. Obok przechodzą ludzie, niosący na noszach człowieka. Nie wiem, czy był żywy, czy umarły, ale zrobiło to na mnie okropne wrażenie. (…) Po jakimś czasie słyszymy stukot drewniaków – prowadzą więźniów. Widzę Władka. Pyta od razu: co z moimi? Odpowiadam – nie wiem, zrobiłyśmy wszystko, co było można. Przecież mu nie powiem o tych teczkach na Suchej. (…) Jak się okazało tego właśnie dnia, 7-go marca 1949 roku rozstrzelano na Mokotowie siedmiu wspaniałych ludzi, towarzyszy broni Władka. A on słyszał te strzały, żegnał się z przyjaciółmi…”.
„Pluton egzekucyjny” stanowił jeden morderca: st. sierż. Piotr Śmietański, który, wzorem sowieckim, uśmiercał skazańców strzałem w tył głowy. Ten sam oprawca zabił też innych bohaterów walki o wolną Polskę, w tym rotmistrza Witolda Pileckiego. Przy wyroku asystował naczelnik więzienia, lekarz i kapelan.